Если я не пройду по конкурсу на место, финансируемое из федерального бюджета, то смогу ли я поступить на договорной основе на направление "Прикладные физика и математика" или только на специальности, обучение на которых возможно только на договорной основе(553000, 552800,061800,351400)?

Но их количество тоже ограничено. Обычно - не более 20% от бюджетных

А сколько баллов надо набрать, чтобы поступить на эти места?

Да. можете поступать на договорной основе на направление "Прикладные математика и физика" 511600

ни на бюджетные места, ни на платные

Жесткий критерий только один - должны быть положительные оценки (не "двойки")

А сколько стоит платное обучение?