Можно ли подать в приемную комиссию копию атестата и в какой срок нужно будет подавать оригинал(если поступил)?

Да. Вы имеете право подать а Приемную комиссию, заверенную у нотариуса,копию аттестата. Оригинал Вы обязаны будете сдать не позднее 2 дней после решения приёмной комиссии о зачислении Вас в институт.

вот пункт из правил приема МФТИ в 2003

2.3.5. Зачисление в число студентов производится только при наличии в личном деле абитуриента оригинала документа государственного образца об образовании, который должен быть представлен в Приемную комиссию в установленные ею сроки.

А в вышедшем приказе Минобразования об утверждении нового порядка приема в ВУЗы как раз об этих 2 днях и говорится.

По-моему, этот пункт из правил приема не соответвствует приказу минобразования...